Turtles terlibat dalam pertempuran lain dengan musuh mereka Shredder, yang telah mendapatkan sekutu baru: preman mutan Bebop dan Rocksteady dan alien adalah Krang . Turtles terus hidup dalam bayang-bayang dan tidak ada yang tahu bahwa merekalah yang menjatuhkan Shredder . Vernon adalah orang yang semua orang pikir adalah orang yang menjatuhkan Shredder . April O'Neill melakukan pengintaian dan mengetahui bahwa seorang ilmuwan bernama Baxter Stockman adalah Shredder . Dia berencana untuk menghancurkannya saat dia membawa barang yang diangkut . April memberi tahu kura-kura, yang mencoba menghentikannya tetapi tidak bisa . Stockman mencoba untuk menteleportasi Shredder tetapi dia entah bagaimana berakhir di dimensi lain dan bertemu dengan seorang panglima perang bernama Krang merakit perangkat teleportasi yang dia kirim ke Bumi sejak lama . Dia memberi Shredder beberapa mutagen yang dia gunakan untuk mengubah dua penjahat yang juga berada dalam transportasi bersamanya, Rock Steady dan Bebop, menjadi mutan . Mereka kemudian berangkat untuk mencari perangkat tersebut transformasi saat menyelidiki Stockman . Dia mengambil mutagen dan dikejar oleh antek Shredder, Foot Clan . Dia diselamatkan oleh seorang pria bernama Casey Jones yang mengangkut Shredder . Turtles muncul dan mereka mencoba bekerja sama . huru-hara, mutagen berakhir di polisi . Mengetahui Shredder akan mencoba mendapatkannya kembali, April mencoba mendapatkannya terlebih dahulu dan dia meminta bantuan Vern .

Akhirnya dia dan Casey ditangkap . Turtles mendapatkan mutagen dan Donatello menganalisisnya, mempelajarinya manusia, yang dia ceritakan pada Leonardo yang menyuruhnya untuk melupakannya dan tidak memberitahu yang lain . Tapi Michelangelo memberitahu Raphael yang merasa Leonardo tidak menghormati mereka . —rcs0411@yahoo . com Dua tahun setelah pertarungan mereka dengan Shredder dan Eric Sacks, Teenage Mutant Ninja Turtles, Leonardo, Donatello, Raphael, dan Michelangelo, masih hidup di bawah selokan Kota New York, membiarkan Vern Fenwick mengambil pujian atas kekalahan Shredder . Stasiun Pusat, April O'Neil menemukan dan memberi tahu kura-kura bahwa ilmuwan Baxter Stockman bekerja untuk Shredder dan berencana mengeluarkannya dari penjara . Saat Shredder dipindahkan antar penjara bersama penjahat Bebop dan Rocksteady oleh petugas koreksi CaseyJones, Klan Kaki menyerang konvoi yang mengangkut mereka . Meskipun ada gangguan ' kura-kura, Shredder lolos ketika Stockman menggunakan perangkat teleportasi . Shredder dibajak di tengah pelabuhan, berakhir di dimensi lain, dan bertemu dengan panglima perang alien Krang, yang mengungkapkan rahasianya.berencana untuk menyerang Bumi . . Musuh lama kembali untuk mencoba mengambil kendali penuh atas kota .

Setiap orang harus bekerja sama untuk mengalahkan musuh dan menyelamatkan kota mereka dan semua orang sambil menghadapi rintangan sehari-hari dalam hidup mereka yang mungkin berubah setelah mengetahui kebenaran tentang musuh .—RECB3 Satu tahun setelah pertarungan mereka dengan Shredder, Teenage Mutant Ninja Turtles, Leonardo (Leader), Donatello (Brains), Raphael (Muscle), dan Michelangelo (Pizza lovers), masih tinggal di bawah selokan, setelah mengizinkan Vern Fenwick (Will Arnett) penghargaan atas kekalahan Shredder's (Brian Tee) . April O'Neil (Megan Fox) menemukan bahwa seorang ilmuwan bernama Baxter Stockman (Tyler Perry) bekerja untuk Shredder dan bahwa dia berencana untuk membantu Shredder melarikan diri dari penjara . April memberi tahu kura-kura tentang dipindahkan antara penjara dengan dua penjahat di sampingnya, Bebop dan Rocksteady, oleh petugas koreksi Casey Jones (Stephen Amell), Foot Clan menyerang konvoi yang mengangkutnya . Meskipun ada gangguan penyu, Shredder lolos ketika Stockman menggunakan aperangkat teleportasi . Tapi Shredder dibajak di tengah-tengah Teleportasi dan berakhir di dimensi lain .

Di sana, dia bertemu dengan panglima perang alien Krang, yang memberitahunya tentang rencananya untuk menyerang Bumi dan memberinya senyawa Mutagenik sebagai imbalan atas janjinya untuk menemukan tigakomponen mesin yang dikirim Krang ke Bumi sejak lama, yang akan membuka portal ke dimensinya ketika bersatu, dan dia tahu bahwa Shredder dan Stockman memiliki bagian pertama . Krang memberi Shredder mutagen untuk merawat kura-kura . -- At kepala suku apa yang terjadi tetapi kepala suku tidak mempercayainya . dia memutuskan untuk keluar sendiri . Shredder kembali ke New York City dan merekrut Bebop dan Rocksteady, yang juga melarikan diri, dan meminta Stockman menggunakan mutagen Krang untuk mengubah mereka menjadi kuat babi hutan humanoid dan badak . April menyaksikan transformasi mereka dan mampu mencuri botol mutagen . Dikejar oleh Kaki, dia diselamatkan oleh Casey, yang menggunakan perlengkapan hoki . Dalam pertempuran berikutnya, botol mutagen dibawa ke tahanan polisi . kemudian memperkenalkan Casey kepada kura-kura, dan Raphael serta Michelangelo mengolok-oloknya dan mengolok-oloknya . Di sarangnya, Donatello menyimpulkan bahwa mutagen dapat digunakan untuk mengubah kura-kura menjadi manusia, memungkinkan mereka untuk hidup normal di atas tanah, tapi menolak dan bersikeras merahasiakannya dari yang lain . Namun, Michelangelo sengaja mendengar percakapan mereka dan memberi tahu Raphael, yang membuat Raphael marah dan menyebabkan pertengkaran sengit di antara saudara-saudara .

Leonardo mendudukan Raphael dan membawa Michelangelo keluar dari rumah.misi . Di Museum Nasional di New York, Shredder, Bebop, dan Rocksteady dapat menemukan potongan kedua dan mencurinya, sebelum Leonardo dan Donatello tiba . -- Masih marah, Raphael merekrut Michelangelo, April, Casey, dan Vern untuk istirahat markas besar dan mengambil mutagen . Vern mengalihkan perhatian polisi, sementara April dan Casey mengambil mutagen, tetapi Kaki tiba di depan mereka . Dalam pertempuran berikutnya, keberadaan penyu terungkap kepada polisi, yang bereaksi dengan ketakutan dan kebencian . April dan campur tangan dan membantu saudara-saudara melarikan diri, tapi April dan Casey ditangkap . Polisi juga melihat di kamera TCRI' bahwa April mencuri mutagen, namun Stockman mengedit rekaman itu sehingga mutasi Bebop dan Rocksteady' tidak terlihat . Dengan Shredder' menemukan dua bagian perangkat, kura-kura melacak Bebop dan Rocksteady saat mereka menemukan bagian terakhir di hutan hujan Manaus, Brasil . Kura-kura menghadapi Bebop dan Rocksteady dengan jet mereka dan dalam pertempuran berikutnya, jet tersebut dihancurkan . Setelah Kura-kura bertarung dengan Bebop di sungai untuk menguasai bidak, Rocksteady muncul di dalam tank dan membantu Bebop melarikan diri dengan bidak tersebut . Kura-kura kembali ke New York saat Shredder dan Stockman menyelesaikan perangkat portal dan membuka pintu gerbang ke dimensi Krang, dimana mesin perang modularnya, Technodrome, mulai muncul .

Shredder mengkhianati Stockman dan menyuruh anak buahnya membawanya pergi ke markas mereka di Tokyo, tetapi saat memasuki Technodrome, Krang segera mengkhianati Shredder, membekukannya dan menguncinya dengan miliknyakumpulan musuh lain yang dikalahkan . Melihat tidak ada cara untuk mencapai Technodrome dengan polisi mengejar mereka, para kura-kura berdebat mengenai penggunaan mutagen untuk menjadi manusia dan bertarung secara terbuka . Meskipun Leonardo setuju untuk melakukannya, Raphael menghancurkan botol itu, menyadari bahwa merekaharus menerima siapa mereka . Atas permintaan April, Vern memulihkan rekaman keamanan dari TCRI yang membuktikan keterlibatan Stockman dan Shredder dan menjamin pembebasan April dan Casey, memungkinkan mereka mengatur pertemuan antara kura-kura dan kepala polisi di mana mereka meyakinkan dia bahwa mereka bukan musuh dan bahwa mereka adalah orang-orang yang menjatuhkan Shredder di tempat pertama . Dengan bantuan polisi, kura-kura mampu menghadapi Krang di atas kapal Technodrome yang masih berkumpul . Meskipun Krang mampu semua 4 kura-kura dengan mudah, Turtles berhasil mengalahkannya ketika Donatello membuat hubungan pendek dengan tubuh robot Krang . Sementara itu, Casey membuat Bebop dan Rocksteady sibuk dan mengalahkan mereka dengan mengunci mereka di peti penuh granat, sementara April dan Vern mengalahkan Shredder's Karai dan kendalikan perangkat portal . Kura-kura mampu melemparkan suar kembali melalui portal, membawa Krang dan seluruh Technodrome bersamanya .

April, Casey, dan Vern kemudian menutup portal . Saat dia menghilang, Krang balas dendam . Setelah kejadian itu, Bebop dan Rocksteady dibawa kembali ke tahanan, sementara Stockman masih buron . Pada malam hari, Turtles dihormati oleh Vincent dan NYPD, bersama dengan April, Casey, dan Vern, dan memberikan kura-kura kunci emas untuk memberikan kesempatan kepada masyarakat dan menerima mereka, namun para penyu memilih untuk merahasiakan keberadaan mereka dari publik, namun mereka akan selalu mendapat bantuan kapan pun mereka mau . Di atas Patung Liberty, Kura-kura Ninja Mutant Remaja merayakan kemenangan mereka mengalahkan Krang .