Snake Eyes, seorang penyendiri yang ulet, diterima di klan Jepang kuno bernama Arashikage, yang mengajarinya cara-cara ninja dan memberinya rumah . Tapi ketika rahasia masa lalunya terungkap, kehormatan dan kesetiaannya akan diuji . Setelah menyelamatkan nyawa pewaris mereka, Snake Eyes yang penyendiri dan ulet disambut di klan Jepang kuno bernama Arashikage di mana dia diajari cara menjadi prajurit ninja . Tapi, ketika rahasia dari masa lalunya terungkap, Snake Eyes' kehormatan dan kesetiaan Seorang anak laki-laki (Max Archibald) menjadi yatim piatu ketika ayahnya (Steven Allerick) dibunuh . Dua puluh tahun kemudian, anak laki-laki tersebut telah tumbuh menjadi pejuang seni bela diri yang berbakat dan mematikan, didorong oleh keinginan untuk membalaskan dendam ayahnya . Untuk menyembunyikan identitas aslinya "Mata Ular" (Henry Golding), nama yang terinspirasi ketika pembunuh ayahnya memaksanya melempar sepasang dadu berbobot untuk menentukan nasibnya, membunuhnya ketika dia melempar dadu ganda . Bos Yakuza yang kaya, Kenta Takamura (Takehiro Hira) menemukan sirkuit pertarungan yang terletak di Los Angeles . Kenta menawarkan untuk menemukan pembunuh ayahnya jika Snake Eyes mau bekerja untuknya, yang diterima Snake Eyes .

Ketika Snake Eyes diminta membuktikan kesetiaannya dengan menembak seorang pria yang mengkhianati kepercayaan Kenta ( mata-mata yang menyamar), Snake Eyes menolak (Tommy baik dan adil terhadap Snake Eyes di organisasi Kenta, tidak seperti pasukannya yang lain) dan malah membantu pengkhianat itu melarikan diri . Tommy ingin membunuh Kenta dan menolak melarikan diri tanpa membunuhnya . turun tangan berkali-kali untuk menjaga keamanan Tommy dan akhirnya Kenta harus mundur ketika polisi datang . Mata Ular ditusuk dalam serangan itu . Pengkhianatnya adalah sepupu Kenta, Tomisaburo "Tommy" Arashikage (Andrew Koji) . Tommy dan Kenta sama-sama Klan Arashikage, sebuah komunitas ninja kuno yang mengabdikan diri untuk menjaga ketertiban dan memerangi kejahatan . Kenta berusaha membunuh sepupunya, tetapi gagal dan dibuang . Oleh karena itu Kenta menyelundupkan senjata ke Jepang, melalui AS, untuk melakukan kudeta terhadap klan tersebut dan Tommy sedang menyamar hentikan dia . Bersyukur pada Snake Eyes, Tommy membawanya ke Dojo ninjanya di Tokyo, Jepang dan meminta agar dia diinisiasi menjadi anggota . Pemimpin Klan Arashikage saat ini, Sen (Eri Ishida), nenek Tommy, setuju untuk membiarkan Snake layak . Guru Keras (Iko Uwais), Mentor tangguh klan Arashikage dan paman Tommy . Guru Buta (Peter Mensah), Mentor buta klan Arashikage .

Kepala keamanan klan, Akiko (Haruka Abe memenangkan kepercayaannya dengan mengungkapkan pembunuhan ayahnya dan menjelaskan itulah sebabnya tidak ada catatan sejarah tentang dia . Tanpa sepengetahuan siapa pun, Snake Eyes berencana untuk mengkhianati sekutu barunya . Percobaan pembunuhan dan pelarian Tommy terbukti dilakukan oleh Snake Eyes cukup dekat untuk mencuri harta paling suci klan, "Permata Matahari", yang memiliki kekuatan magis . -- Tommy memberi tahu Snake Eyes bahwa permata itu adalah hadiah dari Dewa Matahari dan klan tersebut bersumpah untuk tidak pernah mencurinya. Snake Eyes mendapati dirinya semakin terpecah antara rasa bersalahnya karena mengkhianati Tommy, klan, dan keinginannya yang besar untuk membalas dendam . Dia melewati dua ujian pertama dengan bakatnya yang luar biasa . Ujian pertama adalah merebut semangkuk air dari tangan Tuan Keras dibertarung, tanpa menumpahkan mangkuk airmu sendiri, dalam 4 kali percobaan . Mata Ular bertarung dan kalah sebanyak 3 kali dan akhirnya berhasil hanya dengan meminta Hard Master untuk menukarkan mangkuk airnya . Tes ke-2 adalah ilusi yang mempertemukan Mata Ular secara langsung pembunuh ayah pada malam itu ketika mereka membakar rumahnya . Mata Ular sangat marah dan menyerang tetapi ditembak mati . Dia didekati oleh ayahnya, yang mengatakan kepadanya bahwa itu bukan salahnya, karena dia masih kecil . Mata Ular kematian .

Snake Eyes dan Tommy mengetahui bahwa Kenta kembali ke Tokyo dan bersekutu dengan organisasi revolusioner teroris Cobra . Snake Eyes bertemu Kenta lagi, secara rahasia, dan mengatakan dia tidak berniat bekerja untuk teroris . Kenta menjelaskan kepada Snake Eyes bahwa dia adalahbertugas untuk mencuri permata atas nama Cobra . Cobra, melalui penghubung mereka, Ana DeCobray / Baroness (Ursula Corberó), telah mempersenjatai Kenta dengan senjata sehingga dia dapat menguasai klan Arashikage . Kenta dan Baroness memberi tahu Snake Eyes bahwa pembunuh ayah dipenjara dan akan melepaskannya jika Ular tidak mengamankan permata untuk mereka . Ujian ketiga dan terakhir mengharuskan rohnya diuji oleh anaconda suci, yang dapat merasakan apakah dia benar-benar murni hatinya . Karena Mata Ular' dia, tapi Akiko menyelamatkannya dari pembunuhan . Dihadapkan oleh klan, Snake Eyes mengakui bahwa dia tidak sepenuhnya jujur ​​tetapi berhasil menyembunyikan alasan sebenarnya dia ada di sana dan diusir . -- Snake Eyes kemudian kembali secara rahasia dan mencuri kuil klan', mengirimkannya ke Kenta . Kenta mencicipi keajaiban permata dan berjanji untuk menyerahkannya kepada Cobra setelah dia menghancurkan klan Arashikage . -- Mata Ular menerima hadiahnya karena mencuri permata: ayahnya' Agen Cobra .

Setelah menyadari betapa haus darahnya telah merugikannya, Snake Eyes menyelamatkan pria itu dan malah kembali ke klan Arashikage untuk memperingatkan mereka tentang serangan Kenta . Tommy mengesampingkan amarahnya dan membiarkan Snake Eyes membantunya dan O'Hara / Scarlett (Samara Weaving), anggota organisasi penjaga perdamaian internasional G . I . Joe, dalam melawan anak buah Kenta . Baroness membantu Kenta menyudutkan Sen dan klan secara efektif dikalahkan . Setelah Kenta mengakui bahwa dia tidak punya permata, Baroness membentuk aliansi sementara dengan klan Arashikage dan Scarlett . Dengan anak buahnya dikalahkan, Kenta kehilangan permata itu kepada Tommy, yang diliputi amarah mencoba menggunakan kekuatannya untuk membunuh Kenta . Kenta berhasil melarikan diri, tetapi Snake Eyes menjebaknya lubang anaconda, tempat ular melahap Kenta setelah merasakan roh jahatnya . Ular kemudian menilai Mata Ular sekarang berhati murni karena melepaskan nafsu balas dendamnya, sehingga sekarang layak bergabung dengan klan . Setelah pertempuran, Sen melucuti Tommy dari memimpin klan karena melanggar sumpahnya untuk tidak pernah menggunakan permata . Menyalahkan Mata Ular untuk ini, Tommy meninggalkan klan dan keluarga, bersumpah untuk membunuh Mata Ular jika mereka bertemu lagi . Mata Ular bertemu dengan Scarlett yang, setelah menjelaskan bahwa ayahnya adalah agen, menawarinya kesempatan untuk menjadi Joe .

Dalam adegan pertengahan kredit, dengan jet pribadi meninggalkan Jepang, Baroness merekrut Tommy menjadi Cobra, dan Tommy mengganti nama dirinya menjadi "Storm Shadow" .