Emilia Pérez mengikuti empat wanita luar biasa di Meksiko, masing-masing mengejar kebahagiaan mereka sendiri . Pemimpin kartel Emilia meminta Rita, seorang pengacara yang tidak dihargai, untuk membantu memalsukan kematiannya sehingga dia akhirnya dapat hidup secara otentik sebagai dirinya yang sebenarnya . Meksiko, saat ini . Terlalu memenuhi syarat dan dieksploitasi, pengacara Rita menyia-nyiakan bakatnya bekerja di sebuah firma besar yang jauh lebih baik dalam membersihkan sampah kriminal daripada melayani keadilan . Namun jalan keluar yang tidak terduga muncul, tawaran yang tidak dapat Anda tolak: untuk membantu kartel yang ditakutibos Juan "Tangan Kecil" Del Monte - alias Manitas - pensiun dari bisnisnya dan menghilang selamanya . Manitas memiliki rencana yang telah dia sempurnakan secara rahasia selama bertahun-tahun: untuk akhirnya menjadi wanita yang selalu dia impikan Rita Mora Castro, seorang pengacara yang terabaikan namun brilian di Meksiko, membela kasus pembunuhan tingkat tinggi yang melibatkan istri seorang maestro media terkenal. . Menekan keraguan moralnya sendiri, Rita berpendapat bahwa kematian tersebut adalah bunuh diri dalam kasus yang dikenal sebagai kemenangan membawa ketenaran tetapi sedikit kepuasan . Tak lama setelah itu, Rita menerima panggilan anonim yang menawarkan peluang menarik dan menguntungkan (Todo y Nada) . Merefleksikan ketidakpuasannya, dia setuju untuk bertemu dengan klien misterius .

Klien tersebut ternyata adalahgembong kartel Juan "Manitas" Del Monte, yang mengungkapkan permintaan yang sangat pribadi: bantuan dalam transisi untuk hidup secara otentik sebagai seorang wanita (El Encuentro) . Manitas menjelaskan perjuangan seumur hidupnya melawan disforia gender dan keinginan untuk hidup baru . Meskipun demikianrasa gentar, Rita setuju untuk membantu dan mulai mencari ahli bedah spesialis . Perjalanan ini membawa mereka ke Bangkok (La Vaginoplastia) dan Tel Aviv (Lady), di mana mereka akhirnya menemukan dokter yang bersedia melakukan prosedur tersebut . Tergerak oleh Manitas' kenangan masa kecilgender Diaspora (Deseo), ahli bedah setuju . Setelah operasi, Manitas mengambil identitas barunya sebagai Emilia Pérez . Untuk menjamin keselamatan keluarganya, istri Emilia, Jessi, dan anak-anak mereka dipindahkan ke Swiss . Rita menerima sejumlah besar merencanakan kematiannya sendiri, meninggalkan masa lalu kartelnya . Empat tahun kemudian, di London, Rita tiba-tiba bertemu Emilia lagi (Por Casualidad) . Emilia mengungkapkan kerinduannya untuk berhubungan kembali dengan anak-anaknya . Terharu, Rita mengatur agar Jessi dan anak-anak kembali keMexico City dengan menyamar sebagai Emilia sebagai sepupu jauh Manitas, membantu merawat keluarga .

Meskipun Jessi tidak mengenali Emilia, dia dengan enggan setuju untuk kembali, termotivasi oleh kembalinya percintaannya dengan kekasih lamanya, Gustavo Brun (Bienvenida) keluarga menetap di kehidupan baru di Meksiko, Emilia mengalami pertemuan trans formatif dengan ibu dari seorang anak yang hilang (Mis Siete Hermanos y Yo), membangkitkan rasa bersalahnya atas masa lalunya yang penuh kekerasan . Belakangan, putranya mengaku bahwa dia masih mengenali aromanya, penyesalan mendalam (Papá) . Bertekad untuk menebus kesalahan, Emilia menggunakan koneksi kartelnya untuk mendirikan organisasi nirlaba yang mengidentifikasi korban kartel (Para) . Meskipun ada peringatan Rita tentang menerima dukungan dari donor korup (El Mal), organisasi nirlaba tersebut berkembang . Suatu hari, wanita yang jenazah suaminya yang kasar diidentifikasi oleh organisasi nirlaba, mencari penutupan dengan Emilia . Hubungan mereka semakin dalam, dan keduanya memulai hubungan romantis (El Amor) . Sementara itu, Jessi dan Gustavo memperkuat rencana untuk menikah dan pindah keluarga, tetapi keteganganmeledak ketika Emilia menyebut anak-anak itu sebagai "milikku" selama konfrontasi . Jessi melarikan diri bersama anak-anak, memicu kembali perseteruan berbahaya (Mi Camino) . Sebagai pembalasan, Emilia memotong dana Jessi dan mengintimidasi Gustavo, memaksanya melarikan diri dari Meksiko . Jessi dan Gustavo menculik Emilia, menuntut uang tebusan dari Rita . Di titik pengantaran, negosiasi gagal, menyebabkan baku tembak kacau antara Gustavo, Jessi, dan tim keamanan Rita .

Dalam permohonan terakhir, Emilia mengungkapkan identitas aslinya detail pribadi masa lalu mereka (Perdóname) . Terguncang namun marah, Jessi dan Gustavo melarikan diri bersama Emilia di bagasi . Saat mereka mengemudi, Jessi mulai mengumpulkan kebenaran . Diatasi dengan rasa bersalah, dia memaksa Gustavo untuk berhenti . Perjuangan sengit pun terjadi untuk mendapatkan kendali pistol, menyebabkan mobil jatuh . Ketiganya-Jessi, Gustavo, dan Emilia-meninggal dalam kecelakaan itu . Rita menyampaikan berita duka kepada anak-anak Jessi, menawarkan untuk menjadi wali mereka . Setelah kejadian itu, Epifanía, bergabung dengan para pendukung jalanan, menghormati warisan Emilia sebagai simbol kebenaran dan pembebasan (Las Damas Que Pasan) .