Ketika sebuah virus mengancam untuk mengubah hibrida alien ramah yang kini tinggal di bumi melawan manusia, Kapten Rose Corley harus memimpin tim tentara bayaran elit dalam misi ke dunia asing untuk menyelamatkan umat manusia yang tersisa . Bumi diserang oleh alien . Pikiran ayah manusia "dipanen" oleh alien dan mengasimilasi pikirannya ke dalam tubuh alien . Namun keinginan ayah melawan dan melawan alien lain yang mencoba menyerang ibu hamil . Sang ibu medan perang, dan anak itu dijemput oleh pria lain . Rose dilahirkan dalam pancaran cahaya biru alien, yang membuatnya tumbuh dengan cepat . Rose memiliki kekuatan, yang dia gunakan untuk membebaskan semua pikiran yang dikumpulkan di dalam tubuh alien (disebut Pilot) dan (Lindsey Morgan) memimpin armada manusia melawan Armada, kapal induk Harvester di orbit Bulan . Namun, setelah menerobos garis musuh, Rose membeku sebelum dia bisa menembak dan salah satu kapalnya hancur . Dengan Armada bersiap menembak Rose terpaksa menghancurkan salah satu kapalnya sendiri ketika kapal tersebut terlibat baku tembak, mengorbankan ribuan anak buahnya sendiri, namun dia berhasil menghancurkan Armada. Hancur karena rasa bersalah, Rose menghilang setelah pertempuran sementara umat manusia membangun kembali selama lima tahun berikutnya,hidup berdampingan dengan milyaran Pilot yang dibebaskan (Mata biru berarti berada di bawah kendali alien, lampu merah berarti bebas) .

Lima tahun setelah pertempuran, Rose tinggal di kota tenda dekat reruntuhan London, menghindari pasukan perlawanan yang dipimpin oleh Leon (Jonathan Howard) yang mencari menjaga efek penuaan dari sifat hibridanya dengan bantuan transfusi darah hiperoksigenasi yang disiapkan untuk Rose oleh temannya Dr . Mal (Rhona Mitra) . Pandemi virus menyerang Pilot dan siapa pun yang menggunakan transplantasi anggota tubuh Pilot seperti Huana (YayanRuhian) yang kehilangan kedua lengan dan kakinya saat berperang melawan alien lima belas tahun yang lalu . Virus memakan Pilot hidup-hidup sambil mengembalikan mereka ke kondisi dicuci otak (mata biru) . Artinya dalam 72 jam mereka akan kembali melakukan ripping manusia . Leon menangkap Rose dan membawanya ke hadapan Jenderal Radford (Alexander Siddig) yang mengungkapkan bahwa penggerak inti Armada menyimpang ke dunia asal Harvester, Cobalt One, beberapa saat sebelum Rose menghancurkan kapal . Hanya dengan penggerak inti Armada peluang untuk menyelamatkan Pilot . Core memiliki kekuatan yang cukup untuk mengirimkan dan mengendalikan semua pilot . Setelah bertemu kembali dengan saudara angkat Pilotnya, Trent (Jeremy Fitzgerald), Rose dengan enggan setuju untuk bergabung dalam misi . -- Rose khawatir bahwa Cobalt benar-benarbelum dipetakan, dan manusia tidak memiliki wahana di sekitar planet ini . Jadi, mereka terbang dalam keadaan buta .

Di Cobalt One, kapal tim' jatuh setelah bertabrakan dengan kapal Harvester kosong yang membuat kapal berjalan dengan daya darurat . Rose, Trent, Bernhardt) dan Alexi (Ieva Andrejevaite) menemukan planet yang dipenuhi dengan tubuh para Pemanen yang mati dan makhluk bayangan aneh yang tampaknya merupakan mutasi dari para Pemanen . Alexi terluka parah dan mengorbankan dirinya dengan granat pulsa untuk membunuh makhluk tersebut,tetapi tim berhasil mencapai Armada di mana Rose sempat dirasuki oleh Matriark (Phong Giang), pemimpin Harvester yang menuduh manusia datang untuk menghancurkan spesiesnya . Trent mengikutinya dan membantu Rose untuk membebaskan diri dari kendali Matriark' menyadari bahwa pengaruh telepati Matriark adalah apa yang menyebabkan dia membeku dan masalah dengan kekuatannya sejak . Sekarang tidak lagi takut dengan siapa dia, Rose merangkul kekuatannya dan mencuri drive inti . Namun, Owens mengkhianati yang lain, menginfeksi Trent virus dan melarikan diri dengan drive inti (Meninggalkan Leon dan Rose di dalam Armada) . Mencuri kapal tanker alien untuk melarikan diri, Rose dan Leon menemukan bahwa Radford telah mengebom Cobalt One (dalam bentuk penyelidikan) sebelum kedatangan mereka dengan a virus yang menginfeksi Pilot di Bumi . Saat Rose dan Leon kembali ke kapal, Radford menggunakan penggerak inti untuk menghancurkan Cobalt One dan Harvesters dalam tindakan genosida .

-- Dihadapkan oleh Rose dan Leon, Radford mengungkapkan bahwa untuk menidurkan para Pilot secara damai dan menghancurkan para Harvester, namun hal ini memiliki efek samping yang tidak diinginkan yaitu mengembalikan Pilot ke keadaan dicuci otaknya. Setelah menaiki kapal juga, Matriark menyerang, membunuh Radford dan berniat untuk menghancurkanBumi sebagai balas dendam . Owens yang sedang diperiksa oleh Zhi (Cha-Lee Yoon) (Ahli navigasi yang memecahkan lokasi Cobalt satu), mencoba menyerang Zhi setelah dia menyadari kebenaran tentang virus tersebut, namun Zhi berhasil melawannya. kapal memasuki lubang cacing, Owens jatuh ke medan energi dan hancur sementara Trent, yang Leon berhasil kembalikan normal, menjatuhkan Matriark juga, tetapi sebagian besar tubuhnya hancur dalam prosesnya . Di Bumi, Mal bekerja kota, tetapi Pilot yang terinfeksi menyerang sebelum dia dapat menyelesaikan pengujiannya . Para penduduk, termasuk Mal, Kate (Naomi Tankel), Grant (James Cosmo) dan Huana yang sudah sembuh, melawan dan berhasil melenyapkan Pilot yang menyerang dengan mengorbankan Grant memiliki ribuan pasukan lagi yang mendekat dari London . Tiba kembali tepat pada waktunya, Rose menyedot semua Pilot ke kapalnya dan memberi tahu Mal bahwa dengan obat Mal' dan kapal Rose, mereka sekarang memiliki kekuatan untuk menyembuhkan semua setelah kejadian itu, Mal mentransplantasikan otak Trent ke badan Pilot baru, menyelamatkannya .

Zhi meretas file pribadi Radford dan menemukan lokasi penjara tempat Radford menahan siapa pun yang dianggapnya musuh negara, termasuk Rose dan ayah Mark Corley . Rose memerintahkan kursus yang ditetapkan untuk penjara, berniat menyelamatkan ayah angkatnya .