Mengikuti petunjuk asal usul umat manusia, sebuah tim menemukan sebuah bangunan di bulan yang jauh, namun mereka segera menyadari bahwa mereka tidak sendirian . Mengikuti jejak petunjuk yang samar, Dokter Elizabeth Shaw, seorang arkeolog ulung, dan rekannya, Charlie Holloway, memulai ekspedisi ilmiah luar angkasa yang ambisius pada tahun 2093 . Tugas mereka adalah menjelajahi exomoon LV-223 yang terpencil di atas kapal USCSS Prometheusdan menjelaskan keberadaan spesies luar angkasa unggul yang dikenal sebagai Insinyur . Sebaliknya, lebih banyak teka-teki menunggu para kru saat mereka menjelajah ke dalam struktur misterius di medan berbatu bulan . Dan tak lama kemudian, penemuan mengerikan mereka tidak hanya mengancammisi mereka tetapi juga masa depan umat manusia . Lagi pula, dunia mungkin belum siap menerima jawaban atas pertanyaan-pertanyaan mendasar tentang keberadaan manusia . —Nick Riganas Saat pesawat ruang angkasa yang melayang meninggalkan sebuah planet, alien humanoid meminum cairan gelap yang menggelegak, lalu mulai hancur . Sisa-sisa alien tersebut mengalir ke air terjun . DNA-nya memicu reaksi bio-genetik . Pada tahun 2089, arkeolog Elizabeth Shaw (Noomi Rapace Charlie Holloway menemukan peta bintang di Skotlandia yang cocok dengan peta bintang lain dari beberapa budaya kuno yang tidak berhubungan . Mereka menafsirkan ini sebagai undangan dari pelopor umat manusia, para "Insinyur" .

Peter Weyland (Guy Pearce), CEO tua Weyland Corporation,mendanai pembuatan kapal ilmiah Prometheus untuk mengikuti peta ke bulan jauh LV-223 . Awak kapal melakukan perjalanan dalam keadaan diam sementara android David (Michael Fasbender) memantau perjalanan mereka . Tiba pada tahun 2093, mereka diberitahu tentang misi mereka Insinyur . Direktur misi Meredith Vickers (Charlize Theron) memerintahkan kru untuk menghindari kontak tanpa izinnya . Peter memiliki pesan yang sudah direkam sebelumnya untuk kru dan mengatakan bahwa dia meninggal suatu saat selama perjalanan kru karena usia tuanya . mendarat di dekat bangunan buatan yang besar, yang dieksplorasi oleh tim . Di dalamnya mereka menemukan banyak silinder batu, patung monolitik kepala humanoid, dan mayat alien besar, yang dianggap sebagai Insinyur . Mereka menemukan mayat lain dan menganggap spesies tersebut adalah David diam-diam mengambil sebuah silinder, sementara silinder yang tersisa mulai mengeluarkan cairan gelap, yang bersentuhan dengan bentuk kehidupan seperti cacing di tanah . Badai yang mendekat dengan cepat memaksa kru untuk kembali ke Prometheus, meninggalkan anggota Millburn dan Fifieldterdampar di struktur . David berkomunikasi dengan seseorang yang tidak terlihat di dalam pod stasis di kapal dan disuruh "berusaha lebih keras" . Di laboratorium kapal, DNA Insinyur ditemukan cocok dengan manusia .

David menyelidiki silinder mencemari minuman dengan zat tersebut dan memberikannya kepada Holloway yang tidak sadar . Tak lama setelah itu, Shaw dan Holloway berhubungan seks . Di dalam struktur, makhluk mirip ular membunuh Millburn, dan menyemprotkan cairan korosif yang melelehkan helm Fifield, membuatnya terkena paparan sinar matahari. cairan . Para kru kemudian kembali ke struktur dan menemukan mayat Millburn . David secara terpisah menemukan ruang kontrol berisi Insinyur yang masih hidup dalam keadaan diam, dan peta bintang yang menyoroti Bumi . Penelanan cairan gelap oleh Holloway menyebabkan infeksi yangdengan cepat merusak tubuhnya . Dia dilarikan kembali ke Prometheus, tetapi Vickers menolak untuk membiarkannya naik, dan atas desakannya, membakar dia sampai mati dengan penyembur api . Kemudian, pemindaian medis yang dilakukan sendiri mengungkapkan bahwa Shaw, meskipun mandul, adalah keturunan . Shaw menggunakan meja operasi otomatis Vicker untuk mengekstraksi dan menundukkan makhluk mirip cumi-cumi itu . Peter Weyland berada dalam keadaan diam di atas kapal Prometheus dan menjelaskan kepada Shaw bahwa dia ingin meminta para Insinyur untuk mencegah kematiannya karena usia tua . Saat Weyland bersiap untukberangkat ke struktur, Vickers memanggilnya sebagai "Ayah" . -- Fifield, yang telah bermutasi oleh cairan gelap, menyerang teluk hangar dan membunuh beberapa anggota kru sebelum dia terbunuh .

Kapten Prometheus, Janek, berspekulasi bahwa Insinyur instalasi militer yang kehilangan kendali atas senjata biologis mematikan, cairan gelap . Dia juga menentukan bahwa struktur bawah tanah sebenarnya adalah pesawat ruang angkasa . Weyland dan tim kembali ke struktur tersebut dan membangunkan Insinyur . David berbicara kepadaInsinyur, yang merespons dengan memenggalnya dan membunuh Weyland dan timnya . Shaw lolos dari pesawat ruang angkasa saat Insinyur mengaktifkannya . Dia memperingatkan Janek bahwa Insinyur berencana melepaskan cairan ke Bumi dan meyakinkan Janek untuk menghentikan pesawat ruang angkasa . Janekmengeluarkan sekoci dan menabrakkan Prometheus ke dalam pesawat sementara Vickers melarikan diri dengan escape pod . -- Pesawat luar angkasa The Engineer' yang cacat jatuh ke planet ini; dan telah tumbuh menjadi ukuran raksasa . Kepala David yang masih aktif memperingatkan Shaw melalui interkom bahwa Insinyur selamat dari kecelakaan itu . Insinyur memaksa membuka kunci udara sekoci dan menyerang Shaw, yang melepaskan keturunan aliennya ke Insinyur; tentakel ke tenggorokan Insinyur, menundukkannya . Shaw menemukan sisa-sisa David, dan dengan bantuannya, mereka meluncurkan pesawat ruang angkasa Insinyur lainnya . Dia bermaksud untuk mencapai dunia asal Insinyur' dalam upaya untuk memahami mengapa mereka ingin menghancurkan umat manusia . sekoci, makhluk asing keluar dari dada Insinyur .