MIB menangani tahi lalat di organisasi mereka . Setelah pertemuan yang membuka mata dari jenis ketiga, rekrutan terbaru organisasi rahasia MiB, Agen M, mendapati dirinya berada di bawah sayap Agen H yang heroik di kosmopolitan London, ketika duo pembunuh antargalaksi yang bisa berubah bentuk mengeksekusi seorang bangsawan asing. dengan senjata super penghancur massal yang tersembunyi di suatu tempat di Bumi, Men in Black tidak akan meninggalkan kebutuhan bisnis yang terlewat untuk mengambilnya . Namun, awan ketidakpercayaan yang tebal dan aroma pengkhianatan menyelimuti agensi yang dulunya tidak dapat dirusak . Apakah ada sumur- di tengah-tengah mereka?—Nick Riganas Semua agen dari organisasi rahasia pemerintah harus sangat berhati-hati dalam segala hal yang mereka lakukan dan katakan setelah mereka mengetahui ada pengkhianat di antara mereka . Saat mereka mencoba mencari tahu siapa pengkhianat itu, mereka harus menghadapi misi mematikan mereka. . —RECB3 Di Brooklyn pada tahun 1996, Molly Wright (Tessa Thompson) menyaksikan orang tuanya di-Neuralisis oleh agen Men in Black sementara dia membantu alien melarikan diri, menghindari Neuralysation sendiri karena orang tuanya berasumsi bahwa dia sedang tidur .

-- Dua puluh tiga tahun kemudian, mengalami ditolak dalam permohonan ke lembaga pemerintah dengan alasan "khayalannya" mengenai bukti kehidupan alien, dia berhasil melacak pendaratan alien dan melacak agen MiB kembali ke markas MiB di New York . Meskipun dia tertangkap saat memasukiagensi, Molly membuat kesan pada Agen O (Emma Thompson), dengan alasan bahwa dia telah membuktikan keahliannya dalam mencari tahu tentang keberadaan organisasi dan tidak memiliki kehidupan di luar pencariannya untuk agensi tersebut . Yakin, dia dianugerahi status agen percobaan M" dan ditugaskan ke organisasi cabang London . Sesampainya di London, M bertemu High T (Liam Neeson), kepala cabang London, dan berhasil mengatur dirinya sendiri untuk ditugaskan membantu Henry / Agen H (Chris Hemsworth (Kayvan Novak), anggota keluarga kerajaan alien yang merupakan teman dekat H . Selama malam mereka bersama Vungus, mereka disapa oleh kembaran alien misterius yang dapat bermanifestasi sebagai energi murni, yang melukai Vungus secara fatal . Vungus melewati hal yang aneh dia meninggal, mengklaim bahwa dia tidak dapat mempercayai H dengan itu karena H telah berubah sejak mereka terakhir bertemu .

Meskipun Agen C (Rafe Spall) mengungkapkan kekecewaannya atas H' yang menangani situasi tersebut, M menunjukkan bahwa hanya sedikit orang yang mengetahui lokasi Vungus' ketika dia kesimpulan lokasi Vungus' dikhianati oleh salah satu agen MiB yang hadir saat High T menugaskan H untuk menjaganya . Gugup dengan kemungkinan adanya pengkhianat di MiB sendiri, High T menugaskan C dan M untuk melakukan investigasi sedangkan H diturunkan menjadi penyelidikan menunjukkan bahwa si kembar memiliki jejak DNA Hive, ras parasit yang menyerang planet lain dengan bergabung dengan DNA spesies yang ditaklukkan . M mengetahui bahwa H dan High T bertanggung jawab untuk melawan invasi Hive di Menara Eiffel pada tahun2016, menggunakan lubang cacing yang termasuk dalam migrasi asli ke Bumi, tetapi sejak saat itu H telah mengembangkan kompleks Dewa, menunjukkan sikap tidak peduli terhadap tugasnya dan tampaknya hanya mempertahankan pekerjaannya karena T Tinggi melindunginya karena titik lemahnya. untuk satu sama lain . H meyakinkan M untuk bergabung dengannya dalam menindaklanjuti petunjuk di Marrakesh, di mana mereka memulihkan "Pawny" (Kumail Nanjiani), orang terakhir yang selamat dari sekelompok kecil alien yang diserang oleh si Kembar .

Pawny menjanjikan kesetiaan baru kepada oleh agen MiB yang dikoordinasikan oleh C, yang telah memulihkan rekaman video Vungus yang memberikan kristal tersebut kepada M dan percaya bahwa dia adalah pengkhianat. . Dengan bantuan salah satu kontak aliennya, H dapat memperoleh sepeda bertenaga roket dan melarikan diri mengetahui bahwa kristal yang diberikan Vungus kepada M sebenarnya adalah senjata yang ditenagai oleh raksasa biru terkompresi . Saat mereka memperbaiki sepeda yang rusak, kontak alien H' berhasil mencuri senjata tersebut dan membawanya ke Riza Stavros (Rebecca Ferguson), seorang pedagang senjata alien Bepergian ke benteng pulau Riza, ketiganya mencoba menyusup ke markas dan memulihkan senjatanya, namun ditangkap oleh Riza dan pengawalnya . Namun, pengawal tersebut ternyata adalah alien yang diselamatkan M saat masih kecil dan dia membalas budi. pergi dengan senjata sementara dia menahan Riza . Ketiganya terpojok oleh si Kembar sekali lagi, namun si kembar dibunuh oleh High T dan sekelompok agen . Meskipun kasusnya tampaknya sudah selesai, H dan M meninjau bukti dan menyadari dapat menyarankan bahwa mereka memerlukan senjata untuk digunakan melawan Hive daripada menggunakannya untuk Hive, terutama ketika satu-satunya bukti DNA Hive disediakan oleh High T . Karena Agen C mengakui bahwa bukti tersebut mendukung gagasan High T's untuk mengikuti High T ke Menara Eiffel .

Saat mereka melakukan perjalanan ke lubang cacing, pertanyaan M tentang ingatan H' tentang kekalahannya di Hive mengungkapkan bahwa dia telah Neuralysed, yang dikonfirmasi ketika mereka menghadapi High T . The Hive mengubah High bahwa dia dapat bertindak sebagai 'pahlawan' dan menyembunyikan aktivitas mereka yang sebenarnya . "hibrida" High T/Hive mampu mengaktifkan lubang cacing yang akan menarik Hive ke Bumi, tetapi H mampu mengeluarkan kepribadian High T' yang sebenarnya serangan Hive mencoba mencapai Bumi melalui lubang cacing . -- Dengan terungkapnya kebenaran konversi High T', Agen O bergabung dengan H dan M di Paris, di mana dia memberikan M status agen penuh dan menunjuk H sebagai kepala percobaan MiB's London