Pahlawan muda Thomas memulai misi untuk menemukan obat untuk penyakit mematikan yang dikenal sebagai "The Flare" . Dalam final epik The Maze Runner Saga, Thomas memimpin kelompok Glader yang melarikan diri dalam misi terakhir dan paling berbahaya. . Untuk menyelamatkan teman-teman mereka, mereka harus menerobos ke kota terakhir yang legendaris, sebuah labirin yang dikendalikan WCKD yang mungkin berubah menjadi kota terakhir yang legendaris. maze of all . Siapa pun yang berhasil keluar hidup-hidup akan mendapatkan jawaban atas pertanyaan yang diajukan para Glader sejak mereka pertama kali tiba di labirin . Akankah Thomas dan kru berhasil keluar hidup-hidup? Thomas dan teman-temannya yang tersisa melakukan misi penyelamatan untuk menyelamatkan sesama glader mereka, "Minho ." Akankah mereka melacak WCKD dan menghentikan mereka agar tidak menyakiti orang lain, di sepanjang jalan? Thomas, Newt, dan Frypan adalah yang terakhir dari "Glader" bebas yang kebal terhadap virus Flare yang telah membinasakan populasi dunia . Mereka dan perlawanan The Right Arm melakukan operasi penyelamatan di mana mereka mengambil Imun lain dari kereta, yaitu organisasi yang bertanggung jawab untuk menangkap dan bereksperimen pada anak-anak yang kebal . Mereka menemukan bahwa Minho, teman Glader mereka yang tersisa yang ditangkap WCKD, tidak berada di kereta itu, yang menuju ke "Kota Terakhir", markas operasi WCKD .

Melawan perintah Vince, pemimpin The Right Arm, ketiganya meninggalkan kamp mereka untuk menyelamatkan Minho, yang sedang disiksa oleh WCKD dengan harapan dapat mengembangkan obat untuk virus tersebut . Menuju Kota Terakhir, kelompok tersebut diserang oleh Cranks, manusia yang terinfeksi virus tersebut. oleh Jorge dan Brenda, yang bergabung dengan mereka . . Thomas (Dylan O'Brien), Newt (Thomas Brodie-Sangster), dan Frypan (Dexter Darden) adalah anggota terakhir dari "Gladers" bebas yang kebal terhadap virus Flare yang telah membinasakan populasi dunia . Mereka dan The Right Arm Imun lain dari kereta, yang dimiliki oleh WCKD, sebuah organisasi yang bertanggung jawab untuk menangkap dan bereksperimen pada anak-anak yang kebal . Mereka menemukan bahwa Minho (Ki Hong Lee), teman Glader mereka yang tersisa yang ditangkap WCKD, tidak ada di kereta itu, yaitu "Kota Terakhir", basis operasi WCKD' . Melawan perintah Vince (Barry Pepper), pemimpin The Right Arm, ketiganya meninggalkan kamp mereka untuk menyelamatkan Minho, yang disiksa oleh WCKD dengan harapan dapat menemukan obatnya kelompok diserang oleh Cranks, manusia yang terinfeksi Flare . Namun, mereka diselamatkan oleh Jorge (Giancarlo Esposito) dan Brenda (Rosa Salazar), yang bergabung dengan mereka . Kelompok tersebut berhasil mencapai tembok Kota Terakhir, yang melindungi kota orang-orang berunjuk rasa untuk memprotes agar diizinkan masuk ke kota .

Ketika WCKD menembaki para pengunjuk rasa, kelompok tersebut ditangkap oleh kontingen pria bertopeng dan dibawa ke tempat persembunyian . Salah satu pria bertopeng ternyata adalah Gally (Will Poulter serangan di akhir The Maze Runner (Film pertama) . Gally mengajak mereka menemui Lawrence (Walton Goggins), seorang pemimpin pemberontakan (yang terinfeksi virus tetapi memiliki simpanan penawarnya sendiri (versi lama) yang hampir tidak ada lagi). tembok, yang membantu mereka memasuki Kota Terakhir melalui pintu masuk rahasia . Gally memimpin Thomas dan Newt melewati kota dan, melihat Teresa (Kaya Scodelario), Gally memberi tahu Thomas bahwa dia bisa membawa mereka ke markas WCKD . Newt kemudian curhat kepada Thomas terinfeksi . Berjanji untuk menyembuhkannya, ketiganya menangkap Teresa . Di dalam markas WCKD, Teresa menggunakan darah Minho untuk menyembuhkan Flare, namun gagal . Ava menceritakan pada Janson bahwa virus tersebut kini mengudara dan berada di dalam tembok kota . Serum tersebut adalah serum terakhir mereka Ada 28 Kekebalan di penangkaran mereka, termasuk MInho . Thomas, Newt, dan Gally mengawal Teresa di dalam markas WCKD dan menuju lokasi Kekebalan . Gally menjaga anak-anak Kekebalan dan tinggal untuk menemukan serum yang memperlambat Flare, sementara Thomas, dan Teresa pergi mencari Minho . Mereka ditemukan dan dikejar oleh Janson (Aidan Gillen) .

Teresa membiarkan mereka melarikan diri untuk menemukan Minho sebelum bergegas melakukan tes darah pada darah Thomas', yang dia peroleh saat melepaskan pelacak dari Gladers . Setelah melahirkan anak-anak dan serum untuk Brenda, Gally kembali ke markas WCKD untuk menemukan Thomas . Brenda terpaksa melarikan diri bersama anak-anak Immune untuk menghindari penangkapan . Thomas dan Newt bersatu kembali dengan Minho di bagian medis . Teresa menemukan bahwa darah Thomas' dapat menyembuhkan Flare. Dia berbagi penemuannya dengan pemimpin WCKD', Ava Paige (Patricia Clarkson), keduanya setuju bahwa mereka harus menemukan Thomas . Brenda dan anak-anak Immune melarikan diri dari WCKD dengan bantuan Frypan . Sementara itu, Lawrence mengumpulkan pemberontaknya di luar kota sebelum meledakkan tembok kota, mengorbankan dirinya untuk memungkinkan sekutunya dan orang-orang yang terinfeksi menyerbu kota . Gally menemukan Thomas, Minho, dan Newt . Newt, mengirim Minho dan Gally ke depan untuk mengambil serum dari Brenda, memberi Thomas sebuah liontin sebelum pingsan . suara di seluruh kota, memberitahu Thomas bahwa darahnya dapat menyelamatkan Newt jika dia mau kembali ke WCKD . Newt, hampir termakan oleh Flare, sadar kembali dan menyerang Thomas, sambil memohon Thomas untuk membunuhnya . Ketika Thomas tidak mau, Newt-kiri option-menikam dirinya sendiri . Thomas berjalan kembali ke WCKD dan menghadapi Ava . Namun, dia dibunuh oleh Janson, yang terinfeksi oleh Flare .

Janson menjatuhkan Thomas dan menyeretnya ke laboratorium tempat Teresa siap mengambil darahnya . hanya benar-benar tertarik untuk menyembuhkan dirinya sendiri, yang mengakibatkan Teresa menyerangnya . Setelah berkelahi, Janson terbunuh, memungkinkan Thomas dan Teresa melarikan diri ke atap, di mana Teresa memberi Thomas botol berisi obatnya . Sekutu mereka tiba-tiba muncul di pesawat terbang berhasil naik ke kapal, namun Teresa meninggal ketika markas besarnya runtuh . -- Kelompok tersebut bersatu kembali dengan sisa Immune dan The Right Arm, melarikan diri ke tempat yang aman, di mana populasi yang tersisa dapat hidup dengan aman . Di sana, Thomas menemukan Newt memberinya catatan di dalamnya . Masih trauma dengan' kematian teman-temannya, dia membaca catatan itu, di mana Newt menyuruhnya untuk menjaga semua orang .