Hewan-hewan Madagaskar bergabung dengan sirkus Eropa yang sedang berjuang untuk kembali ke New York, namun mendapati diri mereka dikejar oleh petugas pengawas hewan yang psikotik . Alex, Marty, Gloria, dan Melman masih berusaha untuk kembali ke Big Apple dan kebun binatang Central Park kesayangan mereka, tapi pertama-tama mereka harus menemukan penguin . Saat mereka melakukan perjalanan ke Monte Carlo, mereka menarik perhatian Pengawasan Hewan setelah gerbangnya dirobohkan bergabung dengan penguin, Raja Julian dan Co . , dan monyet . Bagaimana seekor singa, seekor zebra, seekor kuda nil, seekor jerapah, empat penguin, dua monyet, dan tiga lemur melakukan perjalanan melintasi Eropa tanpa menarik perhatian dan kembali ke New York upaya untuk kembali ke New York terus-menerus terhambat oleh Kapten Pengendalian Hewan yang ingin menjadikan Alex bagian dari koleksinya .

Begitu mereka kembali ke New York, Marty, Alex, Gloria, dan Melman menyadari bahwa mereka ingin menjadi bagian -Anonim Dalam perjalanan pulang ke rumah, tim Madagaskar mendapati diri mereka tanpa henti dikejar oleh petugas Pengendalian Hewan yang kejam, dan sebagai cara untuk melarikan diri dari pemburu yang kejam dan kembali ke New York, hewan-hewan tersebut menyamar di sirkus keliling, di mana mereka menjadi dekat.berteman dengan para pemain binatang dan, di sepanjang jalan, mendapati diri mereka mempertimbangkan kembali di mana sebenarnya rumah mereka sebenarnya . —MadMovieManiac Masih berusaha menemukan jalan kembali ke Kebun Binatang Central Park yang mereka sayangi di New York, kuartet teman sejati kami--Alex si singa; dengan petugas pengawas hewan yang gigih, Chantel DuBois, yang sedang mengejar, tim memiliki pilihan lain selain mencari perlindungan di sirkus keliling; dunia sirkus yang berbahaya?—Nick Riganas Putus asa untuk kembali ke New York, Alex, Marty, Melman, dan Gloria memutuskan untuk bergabung dengan sirkus yang sedang berjuang untuk melakukan pertunjukan yang akan membawa mereka ke tempat asal mereka . Namun, mereka juga harus menghentikan petugas pengawas hewan yang gila berhasil melakukan pertunjukan sirkus yang hebat dan pastinya kembali ke New York?—Affan Jamsari Cerita berlanjut dari peristiwa film kedua .

Alex (Ben Stiller) mengalami mimpi buruk tentang dirinya, dan teman-temannya yang masih terdampar di Afrika dan mendapati mereka semua sudah tua . Dia kemudian terbangun dari mimpinya di hari ulang tahunnya, dan hewan-hewan model miniatur Kota New York . Alex menyarankan kepada Marty (Chris Rock), Melman (David Schwimmer), dan Gloria (Jada Pinkett Smith) agar mereka pergi ke Monte Carlo untuk mendapatkan penguin untuk menerbangkan mereka kembali ke Kota New York, yang mana penguin dan dua simpanse, Mason dan Phil, menyamar sebagai Raja Versailles, terus menang dalam perjudian sampai upaya geng Alex untuk menghubungi mereka melakukan kesalahan dan memicu kekacauan di Hotel De Paris . Keamanan hotel memanggil petugas Pengendalian Hewan Monaco Chantel DuBois (Frances McDormand) untuk menangani hewan-hewan itu . Tapi alih-alih menangkap mereka hidup-hidup, DuBois menginginkan kepala mereka, terutama Alex's, sebagai piala . Selama pengejaran berkecepatan tinggi antara DuBois yang tak henti-hentinya dan hewan-hewan di dalam truk yang dikendarai oleh mencapai pesawat mereka yang berasal dari film kedua, hewan-hewan itu nyaris tidak berhasil menghindarinya . Di langit Prancis, mesin pesawat mati dan pesawat jatuh ke halaman rel pinggiran kota saat pihak berwenang mendekat . Mereka menemukan sebuah sirkus berusaha mati-matian untuk masuk .

Gia, seekor jaguar (Jessica Chastain), melihat empat hewan kebun binatang dan Alex jatuh cinta padanya saat pertama kali melihatnya . Melihat satu-satunya kesempatan mereka untuk melarikan diri adalah di kereta sirkus, empat hewan yang lebih besar dengan putus asa mengklaim hewan itu sendiri, yang meyakinkan Stefano si singa laut (Martin Short) dan Gia untuk membiarkan mereka masuk meskipun ada protes dari Vitaly si harimau (Bryan Cranston) . Hewan-hewan itu segera mengetahui dari Stefano bahwa mereka tampil di Roma dan London, di mana mereka berencana untuk tampil promotor untuk mengajak mereka dalam tur Amerika pertama mereka . Sebelum klaim hewan kebun binatang' didiskreditkan, para penguin tiba-tiba muncul dengan kesepakatan untuk membeli sirkus itu sendiri, yang mengakibatkan kepergian semua manusia dengan senang hati . Sementara itu, Raja Julien (Sacha BaronCohen) jatuh cinta pada Sonya si beruang (Frank Welker) dan melakukan tur kota melintasi Roma sementara yang lain bersiap untuk pertunjukan di Colosseum . Sayangnya, yang membuat binatang kebun binatang' ngeri, sirkus terbukti sangat mengerikan, sirkus pengembalian uang, sampai mengejar sirkus hingga kereta berangkat ke London . Dalam perjalanan ke London, geng kebun binatang putus asa karena telah membuang-buang uang mereka untuk sirkus yang gagal dan tidak bisa pulang . Stefano segera mengungkapkan pernah menjadi inspirasi mereka .

Pernah menjadi pelompat ring profesional yang biasa melompati lingkaran api yang semakin kecil untuk menggairahkan orang banyak dan selalu mendorong dirinya hingga batasnya, usahanya untuk melompati cincin kelingking yang menyala-nyala berakhir dengan bencanaketika dia membakar bulunya, yang telah dia lapisi dengan minyak zaitun extra virgin, dan mudah terbakar agar bisa lolos melalui celah sempit, menghancurkan kepercayaan dirinya pada bakatnya dan seluruh sirkus menderita karena teladannya . Alex yang terinspirasi kemudian memiliki kereta Pegunungan Alpen dan meyakinkan para pemainnya untuk mengubah akting mereka menjadi kebalikan dari Cirque Du Soleil yang hanya berisi manusia dan sukses sebagai sirkus khusus hewan . Terdorong oleh visi Alex, hewan kebun binatang dan hewan sirkus mengembangkan aksi canggih bersama-sama dan menjaditeman dekat dalam prosesnya, terutama Alex dan Gia yang mendapati diri mereka jatuh cinta . Sementara itu, DuBois ditangkap & ditahan di Roma setelah menimbulkan masalah dengan petugas polisi setempat saat mengusir hewan-hewan tersebut keluar dari yurisdiksinya ketika mencoba untuk mendapatkanke Colosseum pada malam mereka berada di Roma, namun melarikan diri dan meneliti Alex di Internet, mengetahui bahwa dia adalah singa yang hilang dari kebun binatang di New York . Setelah bebas, DuBois merekrut anak buahnya yang terluka dan menuju ke Pegunungan Alpen, memaksa London meskipun latihan belum selesai .

Di London, rombongan mempersiapkan diri untuk promotor di antara penonton, namun Vitaly ditemukan berkemas untuk pergi . Meskipun harimau itu memusuhi dia, Alex meyakinkan Vitaly untuk tetap tinggal dengan mengingatkan dia tentang bagaimana dia menikmati melakukan pertunjukanmustahil dan menyarankan agar dia menggunakan kondisioner rambut sebagai pelumas yang lebih aman untuk melakukan lompatan cincin apinya . Hasilnya, aksi Vitaly' dilakukan dengan sempurna, yang terbukti menjadi pembuka pertunjukan yang sukses secara spektakuler . Setelah promotor yang terkesan mengaturuntuk tur Amerika, DuBois muncul dengan kertas yang menunjukkan bahwa Alex hilang . Meskipun penguin mampu menggagalkan rencana DuBois untuk menangkap Alex, singa terpaksa mengakui bahwa mereka berempat hanyalah hewan kebun binatang yang mencoba untuk mendapatkan yang merasa dimanfaatkan oleh para amatir pembohong yang bisa membuat mereka terbunuh saat mengembangkan dan melakukan aksi baru mereka . Akhirnya, hewan kebun binatang yang malu dan sirkus tiba di Kota New York . Namun, Gia, Vitaly, dan Stefano menemukan hal itu bahkan setelah mengetahui kebenarannyatentang geng Alex, mereka siap memaafkan teman-teman baru mereka yang tanpanya hidup dan penampilan mereka terasa tidak lengkap .

Demikian pula, kelompok kebun binatang dan Julien akhirnya tiba di gerbang Kebun Binatang Central Park yang tertutup, hanya untuk menyadari bahwa mereka telah tumbuh banyak semangat dari petualangan mereka di luar terlalu banyak bagi mereka untuk puas kembali ke penangkaran . Sayangnya, ketika hewan-hewan kebun binatang memutuskan untuk kembali ke sirkus dan berdamai dengan teman-teman baru mereka, mereka kemudian ditenangkan dan ditangkap oleh DuBois . Kebun binatangstaf, senang dengan kemunculan kembali Alex, berterima kasih kepada DuBois, salah percaya bahwa dia mencoba mengembalikan hewan yang hilang . Tanpa disadari, Julien berhasil mencapai sirkus (meskipun dilarikan oleh DuBois) dan para penguin menyadari bahwa kelompok tersebut telah disergap .Setelah mengetahui tentang penderitaan hewan di kebun binatang', Gia dan Vitaly meyakinkan hewan sirkus untuk menyelamatkan teman-teman mereka dan mereka berangkat ke kebun binatang, tampil di atas sirkus terbang, dengan misi penyelamatan yang diberi nama "Operasi: Penyelamatan Sirkus Afro ." Sementara itu di terbangun dan menemukan bahwa dia bersama Marty, Melman, dan Gloria berada di kandang mereka, dikelilingi oleh pagar rantai tinggi agar mereka tidak melarikan diri lagi .

DuBois melangkah ke atas panggung untuk menerima cek apresiasi jutaan dolar dari kebun binatang, tapi diam-diam memasukkan anak panah berisi racun ke dalam pistol yang dia sembunyikan di dalam jari busa sebagai persiapan untuk membunuh Alex . Hewan sirkus tiba tepat waktu untuk menghentikannya dan perkelahian besar-besaran terjadi di mana sirkus menggunakan semua apa yang telah mereka kembangkan sebagai bagian darinya . Saat kelompok tersebut mencoba untuk pergi, DuBois mencoba membunuh Stefano, yang terdampar di kebun binatang . Namun, Alex menyelamatkan Stefano, dan semua hewan kemudian mengalahkan DuBois dan melarikan diri . Bersemangat dengan demonstrasi gagah berani dari teman baru mereka' cinta, Alex memutuskan untuk bergabung dengan sirkus secara permanen . Dengan bersatunya kembali sirkus, semua hewan dengan senang hati melanjutkan tur Amerika mereka . Sementara itu, berkat Skipper, DuBois dan anak buahnya menemukan diri mereka, anehnya seperti Alex dan teman-temannya di film pertama, di dalam petidi kapal kargo menuju pulau Madagaskar .