Seorang anak laki-laki bernama Kubo harus menemukan baju zirah ajaib yang dikenakan mendiang ayahnya untuk mengalahkan roh pendendam dari masa lalu . Kubo menjalani kehidupan yang tenang dan normal di sebuah desa kecil di tepi pantai sampai roh dari masa lalu mengubah hidupnya dengan menyalakan kembali balas dendam kuno . Hal ini menyebabkan segala macam malapetaka ketika para dewa dan monster mengejar Kubo yang, untuk baju besi yang pernah dipakai oleh mendiang ayahnya, seorang prajurit Samurai legendaris . Dari pencipta Paranorman dan The Boxtrolls muncul cerita tentang Kubo, yang menggunakan shamisen ajaib dan mata kirinya dicuri saat masih bayi . Dengan monyet salju dan kumbang di sisinya, dia harus menaklukkan saudara perempuan ibunya yang jahat dan kakeknya mata . —Andrew Collins Dari studio di belakang Coraline dan ParaNorman, Kubo and the Two Strings menceritakan kisah seorang anak laki-laki yang ingin mengetahui lebih banyak tentang ayahnya: seorang samurai yang gugur yang meninggal saat melindungi ibunya dari kakeknya sendiri . Kubo mendengar takdir memanggil ketika ibunya's mencoba dan mencuri Kubo darinya . Dia mengorbankan dirinya untuk menjaga Kubo tetap aman, dan sekarang dia harus menyelesaikan misi pamungkas untuk mengalahkan keluarga tirani ibunya dan menemukan hal yang paling kuat di seluruh Jepang:

pertempuran ayahnya yang kebal Di Jepang feodal, Kubo berusia 12 tahun dengan penutup mata merawat ibunya yang sakit, Sariatu (yang memiliki bekas luka di mata kirinya akibat kecelakaan berlayar di awal film) di sebuah gua gunung dekat sebuah desa kecil. origami dengan musik untuk penduduk kota, menceritakan kisah ayahnya yang hilang Hanzo, seorang prajurit samurai . Kubo tidak pernah bisa menyelesaikan ceritanya, karena dia tidak tahu apa yang terjadi pada Hanzo dan ibunya sendiri tidak dapat mengingat akhir cerita karena mentalnya memburuk . Sariatu memperingatkan dia untuk tidak keluar setelah gelap karena saudara perempuannya, Karasu dan Washi, dan kakeknya yang terasing, Raja Bulan (yang mengambil matanya ketika dia masih bayi) akan menemukannya dan mengambil sisa matanya . Seorang wanita, mengenakan ransel di punggungnya dengan lambang kumbang di atasnya, mengendarai perahu kecil di lautan badai saat sulih suara seorang anak laki-laki memperingatkan pemirsa untuk tidak berkedip atau melupakan apa pun yang akan mereka dengar dan lihat . Seekor besar shamisen, secara ajaib membelah ombak menjadi dua, memungkinkan dia untuk lewat . Di depan, dia melihat daratan tetapi, sebelum dia dapat mencapainya, gelombang jahat menerjangnya dari belakang, membalikkan perahu .

Kepala wanita itu terbentur batu yang tenggelam dengan tangisan yang keluar dari ranselnya dan dia menenangkan bayi di dalam; yang telah direduksi menjadi keadaan semi-vegetatif dengan hanya beberapa saat kejernihan berkat luka yang dideritanya . Dia memakai penutup mata kirinya yang hilang dan jubah yang terbuat dari kain yang dia bungkus saat masih bayi, milik miliknya mengunjungi desa setempat bersama shamisen ibunya dan beberapa figur origami yang dia buat sendiri . Setelah mewarisi kemampuan magis Sariatu, Kubo menceritakan kisah-kisah fantastis tentang prajurit samurai, Hanzo, menggunakan figur origami yang dia hidupkan, sangat mirip dengankegembiraan penduduk desa . Menggunakan tiga buah baju besi ajaib: Pedang yang Tidak Dapat Dipecahkan, Pelindung Dada yang Tidak Dapat Ditembus, dan Helm yang Kebal, Hanzo berangkat untuk melawan musuh besarnya, Raja Bulan tetapi, sebelum Kubo dapat menyelesaikan ceritanya, bel berbunyi masuk desa mengumumkan akan datangnya malam dan Kubo bergegas pulang . Malam itu, Sariatu bercerita tentang Hanzo, ayah Kubo, dan bagaimana dia mati melindungi Kubo dari Raja Bulan, kakeknya . Sariatu memberi tahu Kubo bahwa ayahnya sama seperti dia, prajurit, dan memperingatkan dia untuk tidak pernah keluar setelah gelap dan untuk menjaga pesona pelindungnya, Tuan . Monyet, bersamanya setiap saat .

Jika dia melupakan semua ini, maka Saudara Perempuan Sariatu dan Raja Bulan akan menemukannya dan membawanya bermimpi dan berbicara dalam tidurnya, menyebabkan kertas origaminya beterbangan di ruangan . Kubo membangunkannya dan dia bertanya kepadanya apa yang terjadi dengan matanya . Keesokan harinya desa dipenuhi kegembiraan . Ini adalah hari Festival Bon ketika orang-orang berkomunikasi dengan orang yang mereka cintai yang telah meninggal . Kubo didorong untuk menyalakan lenteranya sendiri oleh teman lanjut usianya, Kameyo (Brenda Vaccaro), sehingga dia dapat berbicara dengan ayahnya . Seorang pria, Hosato (George Takei) menunjukkan kepada putrinya cara melakukannya . Ketika Kubo tidak mendapat tanggapan dari Hanzo, dia menjadi kesal dan meremas lentera kertasnya karena marah . Saat ini, Kubo lupa waktu dan matahari terbenam . Kabut gelap yang menakutkan mengelilingi area tersebut dan saudara kembar Sariatu (Rooney Kubo untuk pergi bersama mereka . Kubo berlari ke desa tetapi para suster mengejarnya, menghancurkan segala sesuatu yang terlihat . Sariatu berlari untuk menyelamatkan putranya dan menggunakan sihirnya untuk memberikan sayap kepada Kubo . Saat dia terbang menjauh, Kubo menggenggam salah satu helai ibunya menghadapi saudara perempuannya dan menghilang dalam ledakan energi yang kuat .

Kubo terbangun di gurun beku untuk melihat monyet kera berdiri di dekatnya, menjelaskan bahwa ibunya telah pergi dan mereka harus pindah atau ditemukan oleh Suster . Monyet (juga Charlize membawa Kubo ke bangkai ikan paus di mana mereka bermalam dan berpesta dengan sup ikan paus . Monyet menjelaskan bahwa dia adalah pesona Kubo, dihidupkan oleh sihir Sariatu yang terakhir, dan bahwa mereka harus mencari sihir Hanzo melawan Raja Bulan . Ketika Kubo menunjukkan rambut ibunya kepada Monyet, dia menganyamnya menjadi gelang untuknya, mengatakan kepadanya bahwa itu adalah kenangan; patung Hanzo yang diam-diam menunjukkan jalan bagi mereka . Sepanjang jalan Kubo menggunakan origami dan shamisennya untuk mengganggu Monyet yang selalu serius yang memperingatkannya untuk mengendalikan sihirnya . Tak lama setelah itu, Kubo diculik oleh seekor kumbang raksasa yang, seperti itu untuk melihat origami Hanzo . Beetle (Matthew McConaughey) menjelaskan bahwa dia menderita amnesia tetapi yakin dia pernah menjadi pejuang hebat dan murid Hanzo, dikutuk untuk hidup sebagai kumbang . Setelah mengetahui bahwa Kubo adalah putra Hanzo, Beetle memohon pencarian mereka, bersumpah untuk melindungi Kubo sampai nafas terakhirnya . Monyet dengan enggan setuju setelah melihat keterampilan Beetle dengan busur dan origami Hanzo dengan cepat menunjukkan tujuan mereka selanjutnya .

Mereka dibawa ke pintu masuk Hall of Bones di mana ketiganya menemukanlokasi Pedang Unbreakable . Namun, itu dijaga oleh kerangka mengerikan yang hanya dikalahkan setelah Kubo berhasil menarik pedang, satu dari banyak, dari kepala penjaga . Origami Hanzo kemudian membawa mereka ke tepi Long berdebat tentang keamanan dan kemampuan magis Kubo . Kubo mengambil kesempatan ini untuk membuktikan kemampuannya dan menciptakan kapal besar dari dedaunan sehingga mereka dapat menyeberangi danau . Saat mereka berlayar, Beetle menunjukkan kepada Kubo cara menggunakan busur dan anak panah untuk memancing dan Tidak dapat dipecahkan untuk memotong hasil tangkapan mereka . Kubo dengan senang hati berbagi makanan sambil duduk di antara teman-temannya, yang belum pernah melakukannya sebelumnya, tetapi kemudian origami Hanzo menunjukkan lokasi Pelindung Dada yang Tidak Dapat Ditembus; tapi Kubo memperingatkannya tentang makhluk yang dibicarakan ibunya yang hidup di danau . Menggunakan mata yang menatap jauh ke dalam dirimu, makhluk itu menunjukkan gambar yang membujukmu agar tetap tenggelam selamanya . Kumbang menyelam ke dalamnya, tetapi setelah beberapa saat dan seperti badai mengejarnya, berpikir ada sesuatu yang salah . Monyet dicegah untuk diikuti oleh salah satu saudara perempuan Sariatu dan keduanya bertempur . Sementara itu, Kubo menemukan baju besi itu tetapi terpesona oleh Taman Mata .

Tampaknya telah melupakan baju besi itu, Kumbang dikirim oleh Monyet kembali untuk menemukan Kubo yang hampir ditelan makhluk bawah air . Suster mengolok-olok Monyet dan menyebut Sariatu lemah dan pengkhianat karena telah jatuh cinta pada Hanzo . Monyet terluka tetapi berhasil mengalahkan Suster, mengklaim bahwa jatuh ke dalamcinta "membuatku lebih kuat" . Kumbang kembali bersama Kubo yang menyadari, berkat gambar yang dilihatnya dari Taman Mata, bahwa Monyet sebenarnya adalah reinkarnasi ibunya . Mereka berlayar melintasi Danau Panjang dan berlindung di sebuah gua tempat Sariatu menceritakan kisahnya . Dia bersama ayahnya, Raja Bulan, dan saudara perempuannya dan ditugaskan untuk membunuh Hanzo, karena jika dia menemukan baju besi ajaib dia akan menjadi terlalu kuat dan mengganggu keseimbangan alam . Namun, selama pertempuran dengan Hanzo, dia mengatakan kepadanya bahwa dia adalah miliknya menyadari belas kasihannya, menemukan miliknya sendiri . Mereka jatuh cinta dan memiliki Kubo tak lama setelah itu . Tapi Raja Bulan, yang marah atas pengkhianatannya, mencuri mata Kubo dan membunuh Hanzo tetapi tidak sebelum Sariatu dapat melarikan diri, menggunakan sihirnya untuk menjaga Sariatu menjelaskan bahwa Raja Bulan menginginkan mata Kubo yang lain sehingga dia kemudian dapat menyambut cucunya untuk tinggal bersamanya di kerajaannya, dingin dan keras dan sempurna .

Kubo tertidur dan Sariatu mengaku kepada Beetle bahwa dia tidak memberi tahu Kubo tentangnya sihir yang menjaganya tetap hidup memudar . Kumbang berjanji untuk merawat Kubo begitu dia pergi . Sementara itu, Kubo mendapat mimpi nyata di mana dia bertemu dengan seorang lelaki tua buta yang sedang bermain shamisen . Pria hantu itu menyuruh Kubo untuk menemukan bagian terakhir dari baju besi itu di tempat di mana dia mungkin tinggal; di halaman mereka dihadapkan oleh Suster kedua yang mengungkapkan bahwa Beetle, pada kenyataannya, adalah Hanzo yang ingatannya disimpan dan diwujudkan dalam sosok origami yang memimpin mereka . Hanzo mengirim Suster tersebut tetapi hanya memiliki waktu singkat untuk menghargai reuni tersebutbersama keluarganya sebelum dia ditikam dari belakang secara fatal . Sebelum Suster itu dapat memberikan pukulan maut padanya, Sariatu menyuruh Kubo terbang pulang . Kubo dengan cepat mengambil dan memetik shamisennya, mematahkan dua dari tiga senarnya dan memicu ledakan besar melenyapkan Suster . Ketika debu mereda Kubo duduk diam, sendirian . Hanzo terbaring tak bergerak dan pesona monyet rusak di kaki Kubo . Kubo menitikkan air mata untuk orang tuanya tetapi tahu dia tidak bisa tinggal . Origami Hanzo, meskipun begitu lemah saat menggambar Helm .

Kubo menyadari Helm itu ada di desa lamanya, menyamar sebagai lonceng yang selalu berbunyi saat matahari terbit dan terbenam . Dia mengambil Pedang dan tali dari busur ayahnya, membuat gelang darinya di samping rambut ibunya . Dia memetik shamisennya, memutuskan senar terakhir . Sayap terbentuk di punggungnya dan dia terbang kembali ke desanya . Penduduk desa dengan lemah lembut menyambutnya dari reruntuhan tetapi dia memperingatkan mereka untuk pergi karena Raja Bulan akan datang Helm, melengkapi baju besinya dan meminta kakeknya menghadapinya . Raja Bulan (Ralph Fiennes) muncul, diturunkan menjadi lelaki tua yang sama dari mimpi Kubo . Dia menawarkan Kubo kesempatan untuk menyerahkan matanya agar mereka bisa hidup Raja Bulan mengambil wujud makhluk mirip ikan raksasa dan menyerang, menjatuhkan Kubo ke hutan terdekat . Raja Bulan menghadapi Kubo di kuburan tempat leluhur desa dimakamkan . Saat penduduk desa yang bersembunyi melihat, Kubo menggunakan ibunya' tali busur ayah, dan sehelai rambut dari kepalanya sendiri untuk mengistirahatkan shamisennya sementara Raja Bulan mengejeknya . Kubo menggunakan shamisen dan sihirnya untuk memanggil roh nenek moyang desa, memberi tahu Raja Bulan bahwa kenangan dan kenangan mereka orang tua adalah jenis sihir paling kuat yang pernah ada .

Raja Bulan bergerak untuk menghabisi Kubo tetapi ditolak oleh para roh dan gelombang sihir terakhir dari Kubo menghilangkan kekuatannya . Raja Bulan dibiarkan hidup tetapi menjadi manusia fana tidak ada ingatannya sendiri . Penduduk desa melangkah maju dan memperkenalkan Kubo sebagai cucunya, masing-masing dari mereka menawarkan kepada Raja Bulan kenangan akan tindakan kebaikannya dan betapa dia dicintai oleh orang-orang di desa . Kubo setuju untuk menjadi kakeknya matahari terbit, Kubo menyalakan dua lentera untuk orang tuanya dan berharap mereka ada bersamanya, sehingga ia bisa mengakhiri ceritanya dengan bahagia . Film diakhiri dengan Kubo meletakkan lenteranya terapung di sungai, arwah orang tuanya dengan bangga berdiri di sisinya .