Dalam waktu dekat, Mayor Mira Killian adalah yang pertama dari jenisnya: Seorang manusia yang diselamatkan dari kecelakaan mengerikan, yang ditingkatkan secara cyber untuk menjadi prajurit sempurna yang mengabdi untuk menghentikan penjahat paling berbahaya di dunia . Dalam waktu dekat, manusia akan ditambah dengan peningkatan cybernetic pada sifat-sifat seperti penglihatan, kekuatan, dan kecerdasan . Pengembang augmentasi Hanka Robotics membuat proyek rahasia untuk mengembangkan tubuh buatan, atau "cangkang", yang dapat mengintegrasikan otak manusiadaripada AI . Satu-satunya yang selamat dari serangan teroris yang menewaskan orang tuanya, Mira Killian dipilih sebagai subjek tes setelah tubuhnya rusak tidak dapat diperbaiki . Atas keberatan desainernya Dr . Ouelet, CEO Hanka Robotics Cutter memutuskan untuk menggunakanKillian sebagai agen kontra-terorisme . Setahun kemudian, Killian telah mencapai pangkat Mayor di divisi anti-teroris Bagian 9 yang dipimpin oleh Kepala Daisuke Aramaki, bekerja bersama agen Batou dan Togusa . —Paramount Pictures Diselamatkan dari serangan teroris yang menghancurkan, anak yatim piatu, Mira Killian, menjadi contoh unik dari apa yang mulai menjadi norma dalam waktu yang tidak terlalu lama lagi: manusia yang diperbesar secara cyber yang pikiran dan jiwanya berada dalam sebuah dunia maya.

hibrida yang berteknologi maju--yang sekarang merupakan Mayor yang tegas dalam melawan cyberterorisme--adalah ujung tombak Sektor 9'; ledakan spontan tidak aktif, namun kenangan abadi tentang masa lalu yang tertekan?—Nick Riganas Dalam waktu dekat, sebagian besar manusia akan ditambah dengan sibernetika, meningkatkan berbagai sifat seperti penglihatan, kekuatan, dan kecerdasan . Hanka Robotics, pengembang teknologi augmentatif terkemuka di dunia, membuat proyek rahasia untuk mengembangkantubuh mekanis, atau "cangkang", yang dapat mengintegrasikan otak manusia daripada AI . Mira Killian (Scarlett Johansson), seorang wanita muda yang merupakan satu-satunya yang selamat dari serangan teroris dunia maya yang menewaskan orang tuanya, dipilih sebagai ujian tampaknya rusak tidak dapat diperbaiki lagi . Atas keberatan desainernya, Dr . Ouelet (Juliette Binoche), CEO Hanka Cutter memutuskan untuk menggunakan Killian sebagai agen kontra-terorisme . Setahun kemudian, Killian telah mencapai pangkat Mayor dalam anti-teroris 9, bekerja bersama agen Batou (Pilou Asbæk) dan Togusa (Chin Han) di bawah pimpinan Daisuke Aramaki ("Beat" Takeshi Kitano) . Tim berhasil menggagalkan serangan teroris di konferensi bisnis Hanka, dan Killian menghancurkan geisha mekanik nakal setelahnyamembunuh seorang sandera . Killian, yang telah mengalami halusinasi yang dianggap Ouelet sebagai gangguan, menjadi semakin terganggu oleh betapa sedikitnya yang dia ingat tentang masa lalunya .

Setelah mengetahui bahwa geisha tersebut diretas oleh entitas tak dikenal, yang hanya dikenal sebagai Kuze(Michael Carmen Pitt), Killian melanggar protokol dan "menyelam" ke dalam AI-nya untuk mendapatkan jawaban . -- Entitas tersebut mencoba melakukan peretasan balik, dan Batou terpaksa memutuskan sambungannya . Dengan menggunakan informasi tersebut, dia dapat mengumpulkan, dua jejak mereka terpikat ke dalam jebakan . Ledakan yang diakibatkannya menghancurkan mata Batou, dan membuat tubuh Killian rusak parah . Cutter (Peter Ferdinando) marah atas tindakan Killian dan mengancam akan menutup Bagian 9 kecuali Aramaki menahannya di dalam menjatuhkan konsultan Hanka Bagian 9', Dr . Dahlin (Anamaria Marinca), dan membunuhnya . Tim menghubungkan pembunuhannya dengan kematian peneliti senior perusahaan lainnya dan menyadari bahwa Dr . Ouelet adalah target berikutnya . Kuze mengambil alih dua sanitasi mereka untuk membunuh Ouelet . Batou, sekarang dengan mata cybernetic, membunuh salah satu dari mereka sementara Killian yang telah diperbaiki menundukkan yang lain . Selama interogasi, Kuze berbicara singkat melalui pekerja yang masih hidup sebelum memaksanya untuk bunuh diri . Togusa melacak peretasan tersebut ke sebuah rahasialokasi, di mana tim menemukan sejumlah besar manusia yang terhubung secara mental sebagai jaringan sinyal darurat .

Killian ditangkap, dan Kuze mengungkapkan bahwa dia adalah subjek tes Hanka yang gagal dari proyek yang sama yang menciptakan Killian, atau dikenal sebagai 2571 . Hemendesaknya untuk mempertanyakan ingatannya sendiri sebelum membebaskannya dan melarikan diri . Killian menghadapi Ouelet, yang mengakui ada 98 subjek tes sebelum Killian, tapi dia adalah satu-satunya yang selamat dari proses tersebut dan ingatannya adalah ingatan palsu yang ditanamkan . Cutter telah memutuskanbahwa Killian terlalu bertanggung jawab, dan memerintahkan Ouelet untuk menidurkan dia setelah dia kembali ke Hanka Robotics . Sebaliknya, Ouelet memberikan alamat kepada Killian dan membantunya melarikan diri . Cutter membunuh Ouelet, tetapi menyalahkan Killian, mengatakan bahwa dia telah menjadi nakal . He memberi tahu Aramaki dan tim bahwa Killian harus diberhentikan dengan cara apa pun yang diperlukan . Killian mengikuti alamat apartemen yang ditempati oleh seorang ibu yang menjanda, yang mengungkapkan bahwa putrinya, Motoko Kusanagi (Scarlett Johansson), melarikan diri dari rumah setahun yang lalu danditangkap, sebelum bunuh diri saat berada dalam tahanan . Tidak dapat memproses emosinya, Killian pergi dan menghubungi Aramaki, yang dengan sengaja mengizinkan Cutter menguping pembicaraan mereka . Batou, Togusa, dan Aramaki masing-masing melenyapkan anak buah Cutter yang mencoba menyergapmereka, sementara Killian mengikuti ingatannya ke tempat persembunyian di mana Motoko terakhir terlihat .

Di sana, dia dan Kuze bertemu, dan mengingat kehidupan masa lalu mereka sebagai radikal anti-augmentasi yang diculik oleh Hanka untuk digunakan sebagai subjek uji . Cutter menyebarkan "laba-laba- dan Kuze hampir mati sebelum Killian mampu merobek motor tank, kehilangan lengan kirinya dalam prosesnya . Terluka parah, Kuze menawarkan untuk menggabungkan "hantunya" dengan Killian sebelum penembak jitu Hanka membunuhnya . Batou dan Cutter dengan persetujuan Killian . -- Keesokan harinya, Killian, yang sekarang telah memperbaiki dan menerima identitas aslinya sebagai Motoko, terhubung kembali dengan ibunya sebelum kembali bekerja dengan Bagian 9 .